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期刊简介
期刊名称：浙江海洋大学学报(自然科学版)
主办单位：浙江海洋大学
出版周期：双月刊
ISSN：2096-4730
CN：33-1404/P
出版地：浙江省舟山市
语种：中文;
开本：大16开
创刊时间：1982
2种红鲂鮄属鱼类控制区结构及系统发育分析
李珂;廖贤晖;王乙婷;赵宸枫;郭星乐;高天翔;为研究红鲂鮄属鱼类的线粒体控制区结构特征与系统发育关系，对瑞氏红鲂鮄与魏氏红鲂鮄的线粒体控制区全序列进行测定分析，统计其碱基组成，识别控制区结构；以许氏平鲉、褐斑鲬为外群构建最大似然树和贝叶斯树。结果表明，2种红鲂鮄属鱼类控制区全长分别为858 bp、857 bp，序列表现为反G偏移；控制区可分为终止序列区、中央保守区以及保守序列区3个区域，终止序列区的A含量最高，中央保守区的G含量最高。系统发育分析显示，黄鲂鮄科红鲂鮄属2种鱼类与叉吻鲂鮄属关系较近，黄鲂鮄科与鲂鮄科关系较近。研究结果表明控制区序列可用于红鲂鮄属鱼类系统发育分析，并为深入开展红鲂鮄属鱼类遗传多样性研究及其资源保护提供了基础资料。
脂鲤科3个种的线粒体全基因组特征及其系统发育关系
马天竺;王云鹏;王起;赵锌雨;刘炳舰;宋伟华;柳意樊;脂鲤科是脂鲤目中物种数量最多的一科。然而关于脂鲤科分类的研究还比较欠缺，对其亲缘关系的了解仍不够全面。对脂鲤科的3种典型鱼类搏氏企鹅鱼、丽鳍魮脂鲤和青脂鲤的线粒体基因组进行了全面测序和组装，并进行系统发育分析。结果显示，这3种鱼类的线粒体基因组具有相似的特征，均包括13个PCGs、2个rRNA、22个tRNA和2个主要的非编码区。基于13个PCGs，重新构建了脂鲤科鱼类的系统发育关系，结果显示青脂鲤与搏氏企鹅鱼的亲缘关系较近，4种魮脂鲤属鱼类形成一个亲缘关系相近的类群，且与搏氏企鹅鱼和青脂鲤的亲缘关系较远。研究结果有助于更好地了解脂鲤科鱼类线粒体基因组序列特征，并为研究脂鲤科的系统发育关系提供参考。
圆十一刺栗壳蟹线粒体基因组全序列测定及玉蟹科系统发育分析
汪凯欣;张楠楠;吴文超;吕文拯;杨翼菲;龚理;以圆十一刺栗壳蟹为对象，通过高通量测序首次组装了线粒体基因组全序列，其全长为15 713 bp，共编码37个基因，以及1段长984 bp的非编码控制区；总碱基组成具有明显的AT偏向性(71.0%)。所有蛋白质编码基因的起始密码子均为ATN，终止密码子则包括TAA及不完全终止密码子T。与其他后生动物一样，除了tRNA-Ser1缺失二氢尿嘧啶臂(DHU臂)，其他tRNA均能形成典型的三叶草结构。为了厘定玉蟹科的进化地位，研究基于最大似然法和贝叶斯法构建了短尾次目系统发育树，2种方法均显示玉蟹科与黎明蟹科形成姐妹群关系后再与馒头蟹科聚为一支，支持玉蟹科与黎明蟹科共享更近的亲缘关系。此外，系统发育树也支持了扇蟹科及馒头蟹总科、酋妇蟹总科、方蟹总科和沙蟹总科的非单系性。研究结果不仅丰富了玉蟹科线粒体基因组全序列，为玉蟹科分类及系统发育提供了更多分子数据，同时为更好地理解短尾次目起源演化奠定了理论基础。
基于线粒体DNA控制区序列的养殖与野生褐菖鲉群体遗传多样性比较分析
欧莹莹;郭浩宇;吕陈航;王玉成;吴雯艳;茹江枫;柴学军;张秀梅;褐菖鲉是近岸岛礁海域广泛分布的岩礁生境底栖鱼类，也是我国东海区重要的增殖放流种。旨在通过分析线粒体DNA控制区(D-loop)序列，探究养殖与野生褐菖鲉群体在遗传多样性及遗传分化水平方面的差异。结果显示，养殖与野生褐菖鲉DNA序列的A+T含量分别为56.75%和51.56%。养殖群体的单倍型多样性(hd=0.800±0.057)、核苷酸多样性(π=0.01779±0.001 41)明显低于野生群体的单倍型多样性(hd=0.957±0.026)、核苷酸多样性(π=0.022 04±0.004 04)，表明褐菖鲉养殖群体的遗传多样性较低。系统发育树、单倍型最小跨度树及遗传分化指数显示，野生和养殖群体间遗传分化水平较低。经过对单倍型最小跨度树和系统发育树的分析，并未检测到明显的谱系结构存在。研究结果表明，在褐菖鲉人工增殖苗种繁育过程中，应通过增加亲本群体来源提高人工增殖苗种的单倍型多样性，以降低养殖放流群体与野生群体之间在遗传多样性上的差异。
日本菊花螺线粒体全基因组测定及结构特征分析
李婧;叶莹莹;李继姬;为补全日本菊花螺线粒体基因组信息以及分析其系统进化地位，进行了日本菊花螺线粒体全基因组测序和生物信息学分析，结合腹足纲内6个亚纲共79个物种的线粒体基因组的13个蛋白质编码基因(PCGs)完成了系统发育树构建。结果显示，日本菊花螺线粒体全基因组全长13 962 bp，由37个编码基因构成，包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。4种碱基总占比从高到低依次为T(36.84%)>A(28.70%)>G(18.50%)>C(15.96%),A+T含量为65.54%，显示出较高的AT偏向性。在蛋白编码基因中，除nad1和cob基因以TTG为起始密码子外，其他11个蛋白编码基因均以AT(N)形式起始。除nad5、atp8、nad4、nad2基因的终止密码子为TAG外，其他基因的终止密码子均为TAA。tRNASer1基因缺少二氢尿嘧啶臂(DHU臂)，tRNAThr和tRNATrp的TΨC茎上各缺少一个环，其余19个tRNA均为典型的三叶草二级结构。对异鳃亚纲动物的基因重排分析结果显示菊花螺属动物的基因排序与Ringipleura动物更为接近。系统发育结果显示在菊花螺科Siphonariidae的分支中，日本菊花螺与关系最密切的Siphonaria pectinata聚为一支后，再与Siphonaria gigas聚在一起。它们分支节点的后验概率值均为1,Bootstrap值均为100，支持度高，说明菊花螺科的单系性被支持。该研究为日本菊花螺的物种鉴别和菊花螺科的系统进化研究提供了基础数据。
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